La chiesa annessa al convento dei cappuccini di Pietrelcina è legata a Padre Pio, sebbene egli non vi sia mai stato, poiché la sua costruzione iniziò dieci anni dopo la sua partenza dal paese. Fu però lui a volerla dedicare alla “Sacra Famiglia” e a indicare simbolicamente il luogo in cui sorge: testimoni affermano che durante una passeggiata serale, l’allora giovane frate disse di avervi udito “un coro di angeli e campane che suonavano a distesa”. 

Il convento fu realizzato grazie all’iniziativa di alcuni pietrelcinesi e al finanziamento di Maria Pyle, americana, figlia spirituale di Padre Pio. Nella chiesa è conservata l’unica reliquia di San Pio fuori da San Giovanni Rotondo e vi si trova la tomba di fra’ Modestino Fucci, confratello di Padre Pio, per il quale è in corso il processo di beatificazione.