È sede parrocchiale ed è la chiesa della Madonna della Libera, patrona di Pietrelcina, venerata per la miracolosa liberazione dal colera nel 1854. Anche Padre Pio le era profondamente devoto, tanto che la chiamava “Madunnella nostra” e ne tenne sempre un’immagine nella sua cella.

In questa chiesa, il 14 agosto 1910 Padre Pio celebrò la sua prima messa. All’epoca il giovane frate era tornato già da un anno nel suo paese perché una grave malattia rendeva difficoltosa a lui e ai suoi confratelli la permanenza in convento. Rimase a Pietrelcina fino al 1916 trascorrendo anni di intensa vita mistica e di servizio alla chiesa locale, in cui servì il parroco Don Salvatore Pannullo dicendo messa, confessando e amministrando i sacramenti.