La Chiesa di Sant’Anna è la più antica del paese ed è stata per secoli sede parrocchiale. Si trova sulla sommità del Morgione, nel punto più alto del centro storico di Pietrelcina. Fu completamente distrutta da un terremoto nel 1688 e fu ricostruita per iniziativa del Cardinale Vincenzo Maria Orsini, futuro Papa Benedetto XIII, alcuni anni più tardi.

Entrando in chiesa, a sinistra, in una nicchia ricavata nella navata centrale, è possibile vedere il fonte battesimale al quale Padre Pio fu battezzato il 26 maggio 1887. Il piccolo Francesco ricevette in questa chiesa anche la Prima comunione e la cresima.

Nella nicchia in fondo alla navata laterale, sotto il busto di Sant’Anna, c’è una teca con le reliquie di San Pio Martire, in omaggio alle quali, probabilmente, il giovane Francesco Forgione scelse il suo nome da frate.

Divenuto sacerdote, poi, celebrò messa e amministrò i sacramenti in questa chiesa per sei anni e qui visse numerose esperienze mistiche come estasi e apparizioni.